Primul sequel autentic al clasicului din 1988, Bionic Commando, prezinta reintoarcerea omului bionic Nathan "Rad" Spencer. La 10 ani dupa infrangerea pe care a suferit-o in fata Imperialilor in jocul original, el a fost tradat de guvernul pe care a jurat sa-l serveasca, a fost inchis pentru crime pe care nu le-a comis si condamnat la moarte. In ziua executiei lui Spencer, teroristii detoneaza o impresionanta arma experimentala in orasul Ascension, provocand un cutremur devastator. Cu apararea aeriana a orasului in mainile organizatiei teroriste necunoscute, FSA au acum o singura optiune - un atac in spatele liniilor. Misiunea perfecta pentru un commando bionic.